La molécule est la plus petite partie d'un corps pur qui puisse exister à l'état libre constituée d'un ensemble d'atomes.
L'enchaînement des atomes au sein d'une molécule n'est pas aléatoire : il obéit à des règles précises. Les atomes y occupent des positions bien définies, et les molécules présentent des formes géométriques caractéristiques : la forme d'un tétraèdre, d'un hexagone ou d'un octaèdre etc... Les propriétés de la molécule sont d'ailleurs liées à la position qu'occupent les atomes. Deux isomères (même composition élémentaire et même masse), qui se distinguent par le fait que certains atomes occupent des positions différentes, présentent généralement des propriétés différentes.
Représentation et structure des
molécules organiques
Il existe plusieurs manières de représenter les molécules organiques. Dans les formules brutes, qui sont établies par analyse élémentaire, on mentionne la nature et le nombre d'atomes constituant la molécule sans apporter de renseignements sur leur mode d'enchaînement. Les formules brutes ne présentent qu'un intérêt pratique très limité.
Les formules développées planes explicitent l'enchaînement des atomes. Elles sont utilisées de manière systématique bien qu'elles négligent des éléments importants comme l'arrangement spatial et l'aspect électronique. Les formules développées respectent la valence des atomes constitutifs, qui sont reliés entre eux par des liaisons simples, doubles ou triples.
Ex.: C4H10O ou en semi-développé
Voir
même 
Les formules développées planes explicitent l'enchaînement des atomes. Elles sont utilisées de manière systématique bien qu'elles négligent des éléments importants comme l'arrangement spatial et l'aspect électronique. Les formules développées respectent la valence des atomes constitutifs, qui sont reliés entre eux par des liaisons simples, doubles ou triples.
Une molécule organique est en général composée d’un squelette carboné constituée de liaison carbone-carbone simples, qui est pratiquement inerte chimiquement et sur lequel ont fixe un certain nombre de groupes fonctionnels. Ceux-ci contrôlent dans une très large mesure la réactivité chimique et les propriétés de la molécule. La présence d’un groupe fonctionnel spécifique sur une molécule lui confère un ensemble de propriétés qu’elle partage avec les autres composés portant ce même groupe. On dit que cet ensemble de molécules constitue une famille de composés chimiques.
Les groupes fonctionnels constituent des points de forte ou de faible concentration électronique susceptibles d’être attaqués par des réactifs spécifiques.
Règles de nomenclature
usuelle
La nomenclature chimique constitue en principe le langage compréhensible par tous les chimistes au niveau international mais elle est complexe.
Pour obtenir le nom d’une molécule, il est judicieux de procéder par étapes successives.
Il faut d’abord analyser la chaîne carbonée principale du squelette en dénombrant les atomes de carbone et en identifiant l’hydrocarbure saturé correspondant.
On ajoute ensuite les préfixes et suffixes établissant la nature des groupes fonctionnels. On inclut dans ceux-ci les liaisons doubles et triples.
On indique en troisième lieu la position des groupes fonctionnelles et des ramifications par des chiffres qui sont placés avant le groupe concerné et dont ils sont séparés par un tiret. Si plusieurs chiffres sont nécessaires, on les sépare par une virgule. On veille à utiliser une numérotation faisant intervenir les chiffres les plus petits possibles.
